Die Diagnose einer Syrinx erfolgt ausschließlich mit Hilfe der Magnetresonanztomographie (MRT, auch Kernspintomographie genannt), einem bildgebenden Verfahren, bei dem keine Röntgenstrahlung verwendet wird. Bei den Aufnahmen des Rückenmarkkanals und der angrenzenden Gehirnteile ist die Syrinx in ihrer Lage und Ausdehnung eindeutig darstellbar. Die Untersuchung wird grundsätzlich bei der Erstdiagnose mit Kontrastmittel durchgeführt und umfasst den Bereich des gesamten Nervensystems.

Um die Zirkulation des Nervenwassers im Schädel bzw. im Rückenmarkskanal darzustellen, ist man bei spezialisierten Kliniken in der Lage, mit einer speziellen MRT-Untersuchung den Fluß aufzuzeichnen. Dabei wird die Pulsation des Nervenwassers in Relation zum Herzschlag des Untersuchten angezeigt. Erfahrene und exakte Analyse der so gewonnenen Darstellung des Nervenwasserflusses lassen selbst kleinste Verklebungen mit Zirkulationsbeeinträchtigung des Nervenwassers erkennen.

Schließlich sollte zur Diagnosestellung stets eine Untersuchung des Nervenwassers erfolgen, um etwaige Entzündungen dessen eindeutig auszuschließen. Das Nervenwasser wird hierzu durch eine sog. Lumbalpunktion entnommen, einem schmerzarmen Einstich im Lendenwirbelbereich mit einer speziell geschliffenen Nadel.

Heute zur Diagnose eher unüblich ist die Anwendung einer Myelographie (bzw. Postmyelo-CT), bei der meist im Bereich der unteren Lendenwirbelsäule der Nervenwasserraum punktiert und mit Kontrastmittel angereichert wird, um röntgenologisch die Syrinx und Zirkulationsbeeinträchtigungen des Nervenwassers sichtbar zu machen. Deutlicher Nachteil: Verwachsungen werden hier nicht eindeutig angezeigt.